Ο Άγιος Ιωάννης ο Χρυσόστομος βρέθηκε τρεις φορές εξορισμένος για την πίστη του. Η τρίτη εξορία του αποδείχτηκε μοιραία για τη ζωή του.

Εκοιμήθη από εξάντληση στις 14 Σεπτεμβρίου του 407 μ.Χ. κατά τη διάρκεια της τρίτης του εξορίας από την αυτοκράτειρα Ευδοξία και τάφηκε στα Κόμανα του Πόντου. Το σεπτό λείψανό του περίμενε επί τριάντα έτη, θαμμένο στον τόπο της εξορίας και του μαρτυρίου του.
Όταν όμως το 434 μ.Χ. πατριάρχης εξελέγη ο μαθητής του Άγιος Πρόκλος , παρεκάλεσε τον αυτοκράτορα Θεοδόσιο να ενεργήσει τα δέοντα, ώστε το λείψανο του μεγάλου αυτού πατέρα της Εκκλησίας να επιστρέψει στην Κωνσταντινούπολη.
Και πράγματι, τέσσερα χρόνια αργότερα, στις 27 Ιανουαρίου του 438 μ.Χ. έγινε η Ανακομιδή των Ιεωρών Λειψάνων του Αγίου. Φθάνοντας οι απεσταλμένοι στά Κόμανα, ρώτησαν τούς εγχώριους νά δείξουν σ’ αυτούς τόν τάφο, για πάρουν τό λείψανο.
Οι δέ πικράθηκαν υπέρμετρα, διότι θα στερούνταν τέτοιου θησαυρού ατίμητου, όμως δέν τόλμησαν νά εναντιωθούν στό βασιλικό πρόσταγμα, αλλ’ έφεραν αυτούς στόν τάφο του μάκαρος καί καθώς σήκωσαν τόν λίθο νά εκβάλουν έξω τό λείψανο, έμεινε ακίνητο, ω του θαύματος!

Καί δέν μπορούσαν τόσοι άνδρες νά το σαλεύσουν όλοτελώς. Γι’ αυτό επέστρεψαν οι αποσταλέντες στά βασίλεια άπρακτοι, κηρύττοντες σ’ όλη τήν πόλη τό θαυμάσιο τούτο, ότι δηλαδή ο Άγιος δέν έδωκε τόν εαυτό του, αλλ’ έμεινε ακίνητος (τούτο δέ τό έκαμε, διότι μέ αυθεντία καί υπερηφάνεια ήθελε νά πάρει τό λείψανό του ο βασιλεύς, τόν οποίο θέλησε νά διδάξει ο Άγιος ταπεινοφροσύνη καί μετριότητα). Τούτου χάριν παρεκάλεσε τόν Άγιο ο βασιλεύς αποστέλλοντας σ’ αυτόν επιστολή που περιείχε αυτά:
«Ἐπιστολὴ τοῦ βασιλέως Θεοδοσίου.

Εἰς τὸν οἰκουμενικὸν Πατριάρχην καὶ Διδάσκαλον καὶ πνευματικὸν Πατέρα Ἰωάννην τὸν Χρυσόστομον, τὴν προσκύνησιν προσφέρω ἐγὼ ὁ βασιλεὺς Θεοδόσιος. Ἡμεῖς, Πάτερ τίμιε, νομίζοντες, πῶς εἶναι τὸ σῶμά σου νεκρόν, καθὼς εἶναι καὶ τὰ ἄλλα σώματα τῶν ἀποθανόντων, ἠθελήσαμεν να μεταφέρωμεν αὐτὸ ἁπλῶς εἰς ἡμᾶς. Διὰ τοῦτο καὶ τοῦ ποθουμένου δικαίως ὑστερήθημεν. Ἀλλὰ σύ, Πάτερ τιμιώτατε, συγχώρησον εἰς ἡμᾶς, ὀποῦ μετανοοῦμεν. Σὺ γὰρ ἐδίδαξες εἰς ὅλους τὴν μετάνοιαν. Καὶ δὸς τὸν ἑαυτόν σου, ὣς πατὴρ φιλοπαῖς, εἰς ἡμᾶς τοὺς φιλοπάτορας υἱούς σου, καὶ τοὺς σὲ ποθούντας εὔφρανον διὰ τῆς παρουσίας σου».

Αυτή την επιστολή του αυτοκράτορα την πήγαν στον Άγιο και την τοποθέτησαν πάνω στην λάρνακά του. Τότε ο Άγιος έδωσε τον εαυτό του στους απεσταλμένους του αυτοκράτορα και έτσι αυτοί μετέφεραν την λάρνακα που περιείχε το άγιο λείψανο στην Κωνσταντινούπολη, χωρίς να κοπιάσουν καθόλου.

Λαβόντες λοιπόν οι απεσταλμένοι τήν επιστολή αυτή καί φθάνοντας στόν τόπο, τέλεσαν καθώς ο βασιλεύς τους πρόσταξε και βλέπουν πάλι άλλο θαυμάσιο, δηλαδή φως άρρητο μέ πολλή λαμπηδόνα από του τάφου αναπήδησαν, ευωδία ανείκαστη εξήλθε του τάφου καί δέν φαινόταν ως νεκρός ο Άγιος, αλλά φαιδρός στήν όψη γεμάτος αμβροσίας καί νέκταρος.
Όταν λοιπόν επέμφθη η επιστολή αυτή καί ετέθη επί του στήθους του Αγίου, έδωκε τόν εαυτό του ο θείος Πατήρ, διότι η θήκη που περιείχε τό άγιο λείψανο ευκόλως καί χωρίς κόπο φερόταν ανεμποδίστως. Τότε έγιναν καί πολλά θαυμάσια σε όσους μετά πίστεως τόν ασπάσθηκαν.

Εξόχως δέ ήταν ένας χωλός στο μέσον του πλήθους καί μέ πολύ κόπο έκαμε τόπο καί άγγιξε στους πόδας του το του Αγίου ιμάτιο καί ευθύς ιάθη.

Θέτοντες λοιπόν τό ιερό λείψανο σε χρυσοκόλλητη λάρνακα καί βαστάζοντας αυτήν, εκίνησαν τήν οδοιπορία πρόθυμοι μέ ψαλμωδία πολλή, μέ λαμπάδες καί θυμιάματα καί σε όσες πόλεις καί χώρες υποδέχονταν τόν Άγιο, αγιαζόντουσαν.
Όταν δέ πλησίασαν στήν Χαλκηδόνα καί τό άκουσαν στήν βασιλεύουσα, έδραμαν όλοι νέοι καί γέροντες μέ πόθο πολύ νά τό προϋπαντήσουν, ως έπρεπε, καί γέμισε πλοία όλη η θάλασσα, η οποία φαινόταν σαν γη στερεά.

Όταν έφθασε τό άγιο λείψανο αντίπερα της Κωνσταντινουπόλεως, εξήλθε ο Πατριάρχης μετά του βασιλέως καί όλη η Σύγκλητος γιά νά προϋπαντήσουν τόν Άγιο. Τήν θήκη δέ τήν έχουσα τό άγιο λείψανο έβαλαν σε πλοίο βασιλικό. Γενομένης δέ τρικυμίας, τά μέν άλλα πλοία διεσκορπίσθησαν σε ένα καί άλλο μέρος, τό δέ πλοίο τό περιέχον τό άγιο λείψανο εξήλθε στόν αγρό της Καλλιτρόπης χήρας, τήν οποία η Ευδοξία αδίκησε, όπως προείπαμε, καί τότε πάλιν έγινε στήν θάλασσα γαλήνη.

Όταν δέ έφθασαν στόν ορισμένο τόπο εκείνοι, που βάσταζαν τό τίμιο λείψανο, είδαν ότι έκλινε πάλι θαυμασίως πρός τό εν μέρος αφ’ εαυτού του, εκείνο τό ηυτρεπισμένο καί ετοιμασμένο γιά τόν Άγιο κουβούκλιο καί προσκαλούσε μέ σχήμα τό λείψανο.

"Μέγας εἶ, Κύριε, καὶ θαυμαστὰ τὰ ἔργα σου!"

Όταν έβαλαν στό πλοίο εκείνο τό τίμιο λείψανο, ο μέν βασιλεύς είχε πόθο νά υπάγει στά βασίλεια, αλλ’ ως φαίνεται δέν ήθελε ο Άγιος Χρυσόστομος, γι’ αυτό κατέβηκε τό ρεύμα της θαλάσσης του Ελλησπόντου δυνατό.
Πρώτα λοιπόν εφέρθη τό άγιο λείψανο στόν Ναό του Αποστόλου Θωμά, τόν ονομαζόμενο του Αμαντίου, όπου ο βασιλεύς ήταν παρών καί σκέπαζε με την βασιλική του χλαμύδα την θεία σορό του λειψάνου και μαζί παρεκάλει τόν Άγιο νά παύσει τόν κλονισμό του τάφου της μητρός του, ο οποίος έτρεμε ήδη τριάντα τρία έτη’ καί δή επέτυχε της αιτήσεως διότι στάθηκε, παραδόξως, ο κινούμενος τάφος εκείνης.

Μετά από αυτά εκομίσθη τό άγιο λείψανο στο Ναό της Αγίας Είρήνης. Εκεί, έβαλαν τό άγιο λείψανο επάνω στό ιερό Σύνθρονο καί εβόησαν άπαντες: «Απόλαβε τόν θρόνο σου, Άγιε».

Ύστερα απέθεσαν τήν θήκη του λειψάνου επί τής βασιλικής αμάξης καί έφεραν αυτό στόν Ναό των Αγίων Αποστόλων. Εκεί έβαλαν τό άγιο λείψανο επάνω στήν ιερά καθέδρα καί, ω του θαύματος!

Επεφώνησε στό λαό το «Ειρήνη πάσι καί τη Ευδοξία συγχώρησις». Καί ύστερα ετέθη υποκάτω στήν γη όπου καί τώρα ευρίσκεται.

Οταν δε η ιερά λειτουργία ετελείτο, θαύματα μεγάλα γινόντουσαν, δοξάζοντας ο Θεός με αυτόν τον τρόπο τους δοξάζοντες Αυτόν.